电影《海底总动员》讲述了一个小丑鱼父亲为了寻找被人类抓走的儿子，而克服自身的胆小怯懦、战胜海洋里的重重危险，最后终于父子团聚的温暖故事。剧情的推进有两条线索，明线是玛林寻子和尼莫在水族箱伙伴们的帮助下逃跑，暗线是父子二人的成长和蜕变。
这是一部非常有教育意义的展现亲子关系和个人成长的经典动画电影，非常值得父母带孩子观看，里面反映出来的亲子关系困局会让很多父母感到熟悉，这种关系在影片中的成长变化也会让人受到感动和启发。
电影的开头，小丑鱼爸爸玛林带着儿子尼莫生活在澳大利亚大堡礁附近，他原本有一个幸福的家，但是一条鲨鱼吃掉了他的妻子和大部分尚未出生的孩子，只有尼莫幸存下来。经历这次变故，玛林变得胆小谨慎、做事缩手缩脚，对儿子有过度的保护欲。
如果不是一次意外中尼莫被人类被捉走，他们父子俩也许会一直过着这样的生活，胆小的父亲小心地偏执地保护着叛逆的儿子，不敢放手也不相信儿子有能力独自探索世界。
但是这场意外是注定要发生的，即使不是这一次，也肯定会在其他情况下发生。因为爸爸过度的谨慎和干涉已经让尼莫从内心深处感到厌倦和排斥，他甚至有点瞧不起自己的爸爸。被控制得越紧，他越想去挑战这种权威，越想去证明自己。
影片里玛林听说学校老师正带着孩子们去靠近深海区的海域探索学习，就不顾一切赶过来和老师理论。他认为这个做法太危险了，要求老师带孩子们离开这里，后来又扬言要给儿子停学回家。
爸爸的言行一方面让尼莫感到在老师和同学们面前很没有面子，另一方面也激发了他要去挑战爸爸对自己的控制和不信任，努力去证明自己的决心。在大家不注意的时候，尼莫毅然决然地游向危险的海域。在同学们的唏嘘声里，玛林的呵斥和警告使得尼莫的逆反心更强。
这时候有人类的大船过来了，玛林也意识到了危险，但是他和儿子还是隔着远远的距离僵持着，他和尼莫说话的语气仍然是充满了威胁恐吓：“小伙子，你再往前游一下，你就会有大麻烦！”当尼莫要进一步挑战他，决定去碰一下船底时，玛林很害怕也很生气，他冲儿子大喝：“你碰一下试试！”尼莫故意挑衅地用鱼鳍碰了一下船底。
这时危险已经来临，人类的渔网迅速把尼莫收入网中，尼莫再想逃跑已经来不及，他从危险的边缘滑向了危险的深渊。
父亲玛林眼睁睁地看着儿子被捉走，他奋力游过去追，只看到了大船飞驰而去的影子。我想这个时候他是非常后悔的。
大人与孩子之间的赌气较量让孩子在危险或错误的道路上越走越远。这本是一次可以避免的意外，如果玛林换一种温和的方式和儿子沟通，在老师和同龄人面前保护孩子敏感的自尊，认可孩子的能力和感受，然后再提出自己的担心。而不是用这种激烈的强势的方式来沟通，要知道自尊水平高的孩子界限感和自律能力都会更强。
儿子被抓走带到了悉尼的一个牙诊所，玛林从船上掉落的一个潜水眼镜上找到了有儿子去向的线索。他一改往日胆小怕事的作风，踏上了危险重重的千里寻子之路。路上他遇到了热情乐观又健忘迷糊的蓝唐王鱼多莉，她负责了影片中很多搞笑的地方。玛林能够坚持走那么远的寻子之路，也有多莉的功劳，她的陪伴和乐观感染了玛林。
一路上玛林变得越来越勇敢，虽然他的蜕变不是一蹴而就的，一开始和鲨鱼的交锋中，他还是很害怕的。
但是在漆黑的深海沟里，为了有光亮可以让多莉看清楚潜水镜上的地址，他用自己的身体和生命去吸引那条可以发光的怪鱼，用怪鱼一次次电击自己发出的光，照清了潜水镜是的文字，那是可以找到尼莫的唯一线索。
后来他冒着生命危险冲进水母群去就救被水母毒晕的多莉，成了让海龟们赞叹的水母侠。他的故事被海洋里的动物们不断传颂，经一只大嘴鸟传到了被困在水族箱里的尼莫的耳中。一开始尼莫是不相信的，他认知里的爸爸是一个胆小鬼，是不可能做出这么勇敢的事的。当他后来他确定了这个勇敢的小鱼就是自己的爸爸时，也深受鼓舞。
玛林看到海龟宝宝们自己在海洋里做一些看上去很危险的动作，就问海龟爸爸是否担心孩子们。海龟爸爸说，海龟宝宝在沙滩上孵化出来以后，都是自己找到回大海的路。玛林听了很吃惊，这件事让他深刻地意识到对于儿子他要学会放手，并且相信尼莫已经有能力照顾自己。
在他找到尼莫后，多莉不幸和成千上万条鱼被捕鱼的渔网网住，大网越收越紧，情况很危急。尼莫想到了一个好办法，他说服父亲，自己主动钻入网中，在被困的鱼群中鼓励大家一起努力向下游。玛林犹豫了一下，虽然担心但还是相信了儿子，并用实际行动对儿子的做法表示支持。他也钻进网里，和多莉、尼莫一起集合所有被捕的鱼一起用力朝下游，最终他们一起把渔网冲破，多莉和鱼群全部被救了出来。这个场面特别令人感动，这是父子二人同心的胜利。
影片的最后又是尼莫开开心心去上学的场景，他愉快地和玛林、多莉说再见。玛林放心地和儿子挥手道别，与影片开头部分看到儿子上学远去的背影喋喋不休、忧心忡忡形成了鲜明的对比。作为一个父亲，他成长了很多，他与儿子的关系也更幸福融洽。
故事的结局是温暖而充满希望的，被儿子视为胆小鬼的父亲成为了孩子心中的英雄，父亲也学会了对儿子放手和信任。
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