该影片讲述了正直善良，心怀天下药师林东笙为救青梅竹马，拯救世人，四处寻药，与由药草幻化成人形的药灵之间发生命运纠葛的济世故事。药灵性格迥异，有求仙心切的护弟狂魔水苏；外冷内热、默默无闻的钩藤；单纯善良天真可爱的豆蔻 ；还有一心报恩、爱恨分明、重情重义的曼罗。药师与药灵之间宿命的缘分就此展开。
峡谷边，一个药师为保护药草，惨被恶人杀害，临终遗言对药草说：“我守护你，你要守护世人。”药师的血滴在了曼陀罗的株苗上，让曼陀罗成为了药灵。
经过了好多世的轮回，到了今世成了林东笙，是个大夫。
林东笙青梅竹马的顾宛烟体弱多病，久病不愈，吃了各种药都不见好转。林东笙虽有治病良方，但苦于没有对应药材，急于治愈顾宛烟的他，踏上了四处寻找稀世药材的道路。
林东笙一直在想方设法救治顾宛烟，看着病情不断加重的她，他的内心充满自责和心疼。他一直想带顾宛烟去看看外面的世界，让她做自己想做的事情。
没有林东笙的鼓励，照顾，支持，顾宛烟撑不了这么久。林东笙经常给顾宛烟讲他看过的各种书，见过的人，让她知道外面的世界那么美好，让她有了期待，给了她希望，让她有了撑下去的精神动力。让她相信林东笙是个真正的药师，有了他，她的病也有了希望。林东笙带着顾宛烟的期望，誓要治好她的病。
可是林老爷看不上林东笙，不许顾宛烟跟他来往，为此她被圈禁府中。
泉水叮咚的山谷里有个药灵谷，药灵谷中的药灵一直在寻找仁义之心的药师，这些年抓的药师不下百人，却找不到一位将药草视为生命的药师。他们要在花期当日用药师的血度化成仙，并且他们是不能自己取血的，一旦破戒，就会折损修为，永世不得成仙。他们需要找到可以为了他们这些草药心甘情愿来送死的药师，可是遍寻不得。
药灵打听到东边云来镇上，有一家林姓药铺三代行医，诊治过不少疑难杂症，于是赶紧将其寻来。
这天林东笙为买了刘药铺假药的老伯讨要公道，斥责对方打着治病救人的旗号行敛财之事，不惜以别人性命换取自己的荣华富贵，加上顾宛烟的证言，让刘家药铺的丑陋嘴脸暴露在大众面前，声名扫地。最后老伯拿到赔偿，刘家药铺也被迫道歉。
将林东笙仁义行为尽收眼底的药灵水苏，把林东笙带到了药灵谷。
在药灵谷醒来的林东笙，还顾不上自己的安危，就欣喜若狂，被这里的罕见草药所吸引，他的心思全在想着怎么能拿这些草药治病救人。
林东笙能躲过水苏的摄心术，几千年来还是头一回。林东笙以为是刘虎设局，将他带到此地，骂他不顾百姓的死活，将四味绝迹草药私藏至此，以为他要将草药献给达官显贵，大骂他如此丧尽天良，不配药师二字。他愿一力承担得罪刘虎的麻烦，让他们送他哥哥离开。于是林东笙被留了下来。
像林东笙这样的仁义医者实属罕见，不仅在古代，在现在也是很少。医者救人生死，要有一颗仁义之心，要能体谅病人疾苦。像现在医患关系紧张的当下，有些医生只愿意高高在上的被病人捧着，脾气大，耐心缺乏。不仅不以治病救人，潜心医学为宗旨，反而以职业之便，行敛财之事，还有为了拿回扣，推荐病人拿高价药的行为也是屡见不鲜，这些背着自己良心的医者，不但是病人所唾弃的，也是为社会所不齿的。希望社会多一点像林东笙这样的医者，这样医者是病人的福音，是社会的楷模，会得到人们的喜欢和爱戴的，也能让社会更多点爱。
另一边，刘虎为了报复林东笙，打砸了林家药铺，逼问刘虎下落，可是林东笙被困于药灵谷，一时半会儿让他遍寻不得。
在困于药灵谷中的日子里，林东笙悉心照顾着这些绝迹草药。他打水浇灌草药的过程中，曼罗各种试探林东笙，将他打好的水一次又一次的打翻，林东笙没有气馁，一遍又一遍地将水重新打满。林东笙之所以不逃跑，心甘情愿被囚于此，全是因为这些都是能救人的稀世药草，心甘情愿在此不眠不休守着它们。想到能用到这些草药治愈顾宛烟的疾病，也能救助更多的病人，他心中就充满了希望，珍视这些草药如自己的生命。
除了现有治病的药草外，林东笙还在找一味引药，这个引药就是曼陀罗花。药灵豆蔻惊讶于竟然是曼罗，用幻术显现让他一再确认，林东笙看到显现的曼陀罗花甚是惊喜，却不知道此花近在咫尺，就是他看到的药灵曼罗。
刘虎借助在官府当差的侄子依然在四处搜寻林东笙。
林东笙后知后觉才发现抓他到此的人是人们口中的“病鬼”，需要用到他的血，才将他囚禁于此。这些“病鬼”，也就是药灵，捉了很多药师，镇子上药师人人自危，给他们取名“病鬼”。林东笙愤慨药师治病救人，心怀苍生，为缓解别人病痛不惜以身试验，每条生命都离不开他们，不该就这样被他们囚禁于此。林东笙为了拯救其他药师不再被抓，宁可牺牲自己。他答应药灵让他回家交代完事情，就甘心回来听凭处置。
药灵给了他一天时间，带林东笙来看了顾宛烟。他告诉宛烟自己找到曼陀罗花了，一定会带回来给宛烟治病。林东笙回家交代完事情准备返回药灵谷，却不想官兵突然闯入，药灵水苏带走了林东笙，父亲和哥哥却含冤入狱。。林东笙执意要回去救自己的亲人，药灵将他绑了起来，说他回去也是白白送死，拒绝放了他。林东笙说既然已经答应把命给他们，就绝不会食言，只求先让他救出父兄，自己一定回来。但水苏之所以在众目睽睽之下用法术带走林东笙，就是想让他无论在哪都必死无疑。
药灵不肯放了林东笙回去，因为如果错过了这次花期，还要等上千年。距离花期还有10天，为确保万无一失，钩藤命令任何人都不得踏出药灵谷半步。天真无邪的豆蔻认为他们是仙不是妖，要行善不能作恶，可现在大家为了位列仙班，不但要取人性命，还害得别人家破人亡，这不是作恶是什么，和妖有何区别。在他看来，林东笙跟其他人为了利益行事不同，他是愿意为了不相干的人牺牲自己的人。豆蔻被林东笙感动，可怜他的遭遇，请求曼罗放了林东笙。曼罗虽然表面冷酷，内心却是爱恨分明、重情重义，他冒着被同伴追责的风险放了林东笙。
林东笙的这些行为何尝不感动着，震撼着我们呢？林东笙为救穷苦百姓倾其所有，分文不取；为救人性命，尝遍百种草药，不惜以身试险；明知自己性命难保，却还没日没夜地照顾草药，把它们的生命当成自己的性命，将它们的生活习性记录下来，留给那些要取他性命的药灵。他这些仁义之举感染着药灵，让药灵的逐渐反思自己的行为，同时也是值得我们思考的。
我们现实社会中何尝没有像林东笙这样的人呢。疫情中愿意身先士卒的医生护士是这种舍己救人的典范；大火中置身危险全力抢救的火灾的消防员是这种舍己救人的楷模；地震时来自四面八方的救援也是舍己救人的大爱之光。希望我们生活里多些这种闪光点，希望人与人之间多点关怀和爱，在这个人心浮躁，快节奏，人性冷漠的社会里，希望有越来越多这样一闪一闪的光亮来指引我们的行为，温暖我们的心灵。
曼罗认出来林东笙就是他找了几千年，为了救他死在恶人刀下的恩人，因为自己恩人血的庇佑，曼罗得以修成药灵。对于只想报恩的曼罗来说，他全身心的帮助保护林东笙，甚至不惜与自己相交多年的药灵谷的同伴反目，同时还帮他对付刘虎一众。
曼陀与药灵谷彻底决裂，与众药灵彻底为敌，他离开了药灵谷。曼罗将林东笙藏匿在小屋里，时刻保护着林东笙，提防官府和药灵来寻。
可林东笙却不顾生命之危，想回药灵谷取曼陀罗花。林东笙想要用此药医好宛烟的病来证明自己的清白，以此来救出自己的父兄。曼罗为了林东笙的安全暂时隐瞒了自己真实身份，让他留在小屋哪里都不要去，同时还将他所有的医书、药材搬到小屋供他研究。
百度百科说：“感恩，是因意识到被给予而自发认为是被恩赐或被爱，从而有感谢对方的意愿产生的心理活动或现实行动。感恩是对一个人是否具备善良品质的的基本参考特征之一。在理性思维中被认为是一种处世哲学，也是生活中的大智慧。一个智慧的人，不应该为自己没有的东西斤斤计较，也不应该一味索取和使自己的私欲膨胀。学会感恩，为自己已有的而感恩，感谢生活给予你的一切，这样你才会有一个积极的人生观，才会有一种健康的心态。如果报复心理是一种应对、反抗外部不利因素的自我防御保护机制，那么感恩心理就是它的回馈机制。”
因为我们的心灵被温暖过，感恩这份温暖，把这份温暖珍藏，来时报答这份温暖。正是有了感恩，我们才更愿意付出，我们的付出也更有意义。
在危困时刻，有人向你伸出温暖的双手，解除生活的困顿；有人为你指点迷津，让你明确前进的方向；甚至有人用肩膀、身躯把你擎起来，让你攀上人生的高峰……你最终战胜了苦难，扬帆远航，驶向光明幸福的彼岸。那么，你能不心存感激吗？你能不思回报吗？感恩的关键在于回报意识。回报，就是对哺育、培养、教导、指引、帮助、支持乃至救护自己的人心存感激，并通过自己十倍、百倍的付出，用实际行动予以报答。
曼罗为了报恩，宁可背叛整个药族，牺牲所有人千年的修为，甚至不惜与他的挚友钩藤为敌，哪怕还包括牺牲自己的性命。曼罗时刻谨记自己的恩人林东笙舍命护他，他心怀感恩，时刻想着报恩，就像林东笙那样，他也愿意为了救他舍弃自己的性命。
因为意见不合，药灵豆蔻放弃成仙，离开药灵谷准备做个快乐的药灵。林东笙在小屋阅读书籍，寻找草药，遍寻治愈良方。曼罗则守在林东笙身边，时刻保护他的安全。
水苏为了带回林东笙，用计分开了曼罗与林东笙。水苏捉到了林东笙，告诉他只要用他的血祭出新的药灵，他就可以成为真正的药仙，在林东笙准备自己动手的千钧一发，水苏被幡然醒悟的钩藤给召回了。钩藤被曼罗的一番话给打醒了，开始面对自己的内心，明白他们本来就是药草，本就是为了世人而生，若不顾世间疾苦，独自快活，何以为仙。钩藤早就明白这些，只是一直不愿面对，一直在逃避，他看到林东笙处处舍己救人的行为，让他感动反思纠结。曼罗的话又让他痛定思痛，终于决心面对自己的内心，他毅然毁了所有药灵的药身，让这些稀世草药重现人间，把草药还给了世人。钩藤在关键时刻，选择了为了世人的存活而放弃了自己的生命，就像林东笙一样愿意放弃自己拯救他人，在他的耳濡目染下，药灵被感化了，愿意舍弃性命来救活世人，这种美好是会感染的。而曼罗为了林东笙能有他这味引药入药，自己牺牲了生命，化为乌有。药灵消失，这些草药将重现人间，世人的疾苦，将会治愈。
林东笙的药铺人越聚越多，百姓的疾苦得以解决。顾宛烟终于可以登高望远，浏览风景看大好河山。林东笙也实现了他济世救人的抱负，一切都因美好而美好。在山间角落，一株曼陀罗花开的正艳。
林东笙这种舍己救人的利他行为，不仅把美好带到了人间，而且让感受到这些美好的药灵，受到感染，进而舍己救世人，让这种美好进一步传播。原来善良的行为是可以传染的，希望这样的善良，能在我们的生活中不断绽放，让大家心里感受到温暖的时候，能够把这份温暖传递下去，让我们的世界变得越来越美好，人心变得越来越温暖。
视药草如自己的生命的林东笙，宁可死在恶人刀下，也要拼死守住自己的药草，而且还是一个一心只为他人着想，正直善良，心怀天下的济世良医。他设身处地地替身边的每个人考虑，哪怕是要取他性命的药灵，活脱脱一个古代版的“活雷锋”。他的行为不仅感化了受恩的曼罗，不惜牺牲自己来护他周全；还感染了药灵，让他们为救世人，放弃生命重现人间，成为了救治百姓的良药。不得不说，像林东笙这样的仁心之举，让我们明白如果你付出的是爱，就会得到更多的爱。倘若你的心是温暖的，受到你温暖的人们，也会感恩你的温暖来报答你，同时还能传达出去温暖世人。因此让我们有一颗仁爱之心，让世间充满更多的爱和温暖吧。
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