《深潜》的剧情如下：
抗日战争时期，日军为顺利占据长沙，启用了潜伏在中国15年的战略特工“黑执事”，实施策划已久的战略欺骗计划。中共地下党党员云慕之在调查“黑执事”的过程中被杀。云弘深不知父亲的真实身份，为追查杀父凶手回到家乡长沙，随即被卷进“黑执事”早已布下的陷阱之中。
在云弘深迷茫无助之时，父亲生前好友、中共地下党党员杨梓铭给了他极大的帮助和保护，他终于识破对手骗局。在共产党的领导下，云弘深与爱国青年闻夜鸣联手，局中设局，步步为营。
第一集中，云弘深根据线索发现被击杀的只是曲文挚的替身，真正的曲文挚已被秘密转移到酒坊。他一路追查到酒坊，遇到前来刺杀曲文挚的闻夜鸣，双方误认为对方是敌人并打斗，响动吸引保镖注意。此时，军统特务李良也潜入酒坊，与保镖发生枪战并闯入曲文挚藏身房间，却发现其已不知去向。日本宪兵队赶到后，闻夜鸣与云弘深撤离，李良也随后离开。云弘深回家后看到父亲云慕之正把法兰西银行的金砖兑换成日本中储会发行的储备券，父子因此大吵一架。云慕之决定在晚上的酒会上除掉子爵。
第二集中，在上海饭店答谢酒会上，子爵设局欲毒杀云慕之，云家父子察觉后将计就计，云慕之假意中毒身亡，子爵误以为成功并放松警惕。云弘深趁机找到子爵老巢并将其击毙，搜出一把钥匙。与此同时，军统特务闻夜鸣接到命令前往上海饭店刺杀曲文挚，成功找到并击杀他。原来，曲文挚早已将情报交给子爵，子爵又交给了日军作战司令部。云慕之安排云弘深配合演戏，以便进入组织安排的休眠状态。冈村宁次收到昆吾的电报后，派人监视云弘深。
第三集中，云弘深和闻夜鸣都赶往与八哥会面的茶楼，却落入昆吾设计的陷阱。云慕之担心儿子安危前往茶楼，被日军狙击手击中。临终前，他告诉云弘深继承遗志，透露身份秘密在地下室，云弘深找到与组织联络的暗号“半张照片”。由于云慕之已死，宪兵队抓走云弘深调查，云弘深意识到错怪父亲而自责，他锁定昆吾为目标，但还是被宪兵抓住，国民党特务也计划除掉可能继承太多秘密的云弘深。
第四集中，云弘深用假证件戏耍日本宪兵队，从家中拿回“半张照片”和父亲骨灰，计划回到长沙追查闻夜鸣，为父报仇。在长沙，云弘深遇到护士米兰并产生好感。他发现自己被人跟踪，原来是宗方安排白门的人追查他。云弘深在米兰帮助下躲进伤兵医院，云弘祈通过白门搜集线索，推测白门要找的人可能是云弘深。
后续剧情中，云弘深在各方势力间周旋，与闻夜鸣一起面对重重困难和陷阱，不断识破敌人的阴谋，与日本特工展开了一场惊心动魄的较量。他们在国恨面前放下家仇，将自己设为死棋，最终成功挖出了深藏在国军内部的日本战略特工“黑执事”，为取得第一次长沙会战的胜利做出了极大的贡献。
