6个前美国精英战士居高临下，戴着夜视仪将战场一览无余，手中的织成死亡弹幕收割着一拨又一拨袭击者的生命。他们或各自为战，或按照指示对某些重要目标，一闪一闪的战场火光，映红了一张张袭击者的脸，一颗颗子弹穿过废弃汽车的车窗，准确击中炮口还对着地面的袭击者的脑袋，袭击者死前按下扳机，火箭弹射向脚下，炸翻了一群队友
2012年美国在全球有294个外交部驻点，12个因为局势不稳，被国务院列为高度危险，其中两个在利比亚的黎波里和班加西，而此时利比亚卡扎菲政府军被推翻，结束了其42年的暴政，班加西正处于混乱状态，大量的民兵洗劫兵工厂，各国的外交使馆已经关闭，还剩下美国的一个外交使馆和中情局基地，中情局负责追踪先进武器，避免他们流入黑市，负责基地安保工作的是6位前特种部队的精英。
杰克是最后一位到达这里的队员，队长罗恩接到他后准备返回基地，在途中他们遇到了麻烦，在这里分不清是敌是友，队长向基地站长请求支援，站长却以不想基地暴露为由，让他们自己解决，眼看一场大战即将爆发，面对袭击者的盘问队长非常机智，看见天上的无人机了吗，看不到？看不到没关系，它看到你了，美国军方已经知道你是谁，如果我们少一根汗毛，你的家人将被轰成渣，对方果然怂了放他们离开
中情局基地的核心安保力量是6个人组成的小队，队员皆是前海豹突击队和特种部队成员，说不好听就是一支雇佣军，他们和基地纯粹是雇员和雇主的关系，所以基站长并不把他们当自己人，动辄恶语相向
这天cia的成员接到了一项任务，保护一位美国大使，大使自愿留下来执行特殊任务，只是他的身边只有两位保镖，因此小队不仅要负责保护大使的安全，还要充当司机，6人来到大使馆勘察安保措施，队长发现这里的安保非常薄弱，如果遇到进攻，狙击手将对他们挨个点名，于是他们找到当地的军火商购买一些武器，交易时 对方黑老大情绪非常激动，当队员比出666的手势后，双方愉快的进行了交易
大使和当地的市长有一个低调的私人会面，本来是一件很轻松的任务，可是突然出现的大量媒体，让小队的人员紧张起来，他们担心其中有袭击者，如果携带炸弹，他们都将完蛋，还好最终担心的事情没有发生，因为第二天是911，大使没有外出计划，所以小队不用充当司机了，他们返回基地做着各自的事情，片刻的安静让他们享受其中，而大使馆外却偷偷的聚集了不少袭击者，原来经过媒体的报道，袭击者确定了大使的位置，突然的枪声打破了久违的宁静，让他们瞬间警觉，大门的守卫没有丝毫反抗 四散而逃，袭击者轻而易举的闯了进来，面对将近40名的袭击者，大使的安保人员根本无法反抗，尽管他们都是精英，他们唯一的选择便是躲起来，寻求救援
中情局基地队长听到枪声后，召集队员准备救援，他告诉队员 我们本没有义务去救援，但是我们现在是他们唯一的希望，身在异国他乡，不能对同胞见死不救，就在小队要出发时，被站长拦了下来，小队没有授权，甚至不应该在这里，只需要听从他的命令，保护这个本应该不存在于利比亚的基地。
大使被围攻的消息很快传回了美国，各路救援部队已经动身，无人机首先被派出，此时袭击者已经破门而入，面对安全屋最后一道防护，他们始终无法突破，随后他们放弃了强攻，搬来了汽油，选择一把火烧了大使馆，浓烟滚滚顿时冲进了屋内，死神正在一步步邻近，可这边站长却没有一点想派小队去救援的意思，本来早点前去是一场救援行动，而现在去就是自杀行动，队员杰克说道 如果他们拿下大使馆，那么下一个目标会是哪里，站长瞬间惊醒，而此时小队队长也不在听从站长的命令，带带着队员前去救援。
小队兵分两路，一队从正门进入，另一队去后门寻找机会，一番激战过后，小队进入了大使馆，此时无人机也到达了大使馆上空，可是大火已经蔓延至整个大使馆，能救出大使的希望非常渺茫，小队成员没有放弃，义无反顾的冲了进去，一番搜寻之后救出大使身边的保镖，可惜大使和他走散已经不知所踪，这时有人来说袭击者再次攻来，很显然他们有组织有目的，拿下大使馆后退去，等大使馆援军赶到后，再集结更多的人马进攻，将他们一网打尽。
队长立刻安排人员带上机密文件，返回基地，在途中他们遇到袭击，好在有惊无险顺利到达基地， 回到基地后队长强势的接管了这里，成为基地的老大，战斗已经开始，他是前特种部队精英，处理这种事更有经验，大家开始销毁机密资料，等待救援的到来，现在逃跑已经不可能了，队长只能带领队员坚持到救援的到来，他开始分配任务，队员立即行动在屋顶建立防守阵地，无人机在空中侦查，很快便发现了敌人的踪迹，基地被包围了。
第一轮战斗很快打响，辛而小队人员都是部队精英，加之天色又暗，对方虽然有30多人，但是被小队打退，基地的人赢得了片刻喘息的时间，很快第二轮进攻开始，袭击者弄来了一辆巴士，里面装载着一些威力巨大武器，小队看出不妙，果断打爆了大巴车，没有大规模武器傍身，袭击者的第二轮袭击也宣告失败。
不久后援军终于赶到，正当大家高兴时，问题也随即而至，这里有24名中情局人员，5名大使馆人员，6名小队人员还有赶来的援军，飞机根本带不走这么多人，小队还得坚持几个小时，此时门口送援的军警车突然全部撤离，原来袭击者准备发动第三次进攻了，这次他们搬来了迫击炮，在大规模武器的轰击下，小队很快出现了伤亡，队长被炮弹击中当场死亡，还有一名队员也被炸断了手臂，失去了战斗力，小队伤亡惨重，援军更是全军覆没，但是战斗还没有结束，天空刚刚亮起，又有四五十辆车带着重武器朝基地过来，人数和武器上的差距让他们彻底绝望，但即使这样小队也没有放弃，决心战斗至最后一刻，对面大部队抵达门口后，其中一个小队队员比了666的手势，对面也已同样的手势回复，队员放下颤抖的手 喜极而泣，原来他们是赶来的救援的友军，基地人员绝望的眼神表露出劫后余生的庆幸，在友军的护送下，他们离开了
在基地围墙之外，穿黑袍的女人来寻找她们自己家的顶梁柱，孩子寻找着自己的爸爸，看着横七竖八倒卧在院墙周围的尸体，女人们跪倒在尸体旁哭泣，凄惨也悲凉。
在护送下他们终于来到了机场，6名坚守奋战了13小时的士兵，只剩下4名队员活了下来，队长和一名队员被迫击炮炸死，令一名队员左手几乎废了，不过经过十几次手术，他的手臂已经逐渐恢复，最后杰克在落日余晖中给家人打电话，虽然他劫后余生，却也心若死灰。战争，从来没有胜利者。
这是由美国真实事件改编的战争电影，美国大兵们经历的牺牲，还有当地无辜平民的遭遇。《危机13小时》，用直白的cia敏感立场作为背景，并不是要抨击某位作出错误抉择的领导，或者是让谁去责任。而是更加凸显了，六位前特种部队队员的道德立场，不管美国人来到利比亚在做什么，拯救自己的同胞，是天经地义。而那位美国33年来，第一个因公去世的大使，也为他们自己留下了血的教训。
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